Anotación de genomas

Preparación de datos y carpetas

gdown --folder https://drive.google.com/drive/folders/1KZYKmDkXK9f7bbLpRqFTSHbTm5VyFkMI?usp=sharing
cd clase_anotacion
mkdir -p results/prokka results/hmmer results/amrfinder logs

Instalar herramientas en un sólo ambiente (windows)

conda create -y -n annotation -c conda-forge -c bioconda -c defaults \
  prokka hmmer ncbi-amrfinderplus
# Activar ambiente
conda activate annotation

Instalar herramientas en un sólo ambiente (MAC)

conda create -y -n annotation -c conda-forge -c bioconda ncbi-amrfinderplus
# Activar ambiente
conda activate annotation
# Instalar
brew install brewsci/bio/prokka
brew install hmmer

Descagar amrfinder database

Puede tardar un rato

amrfinder -u

Anotación con prokka

prokka data/INISA09.fna \
  --outdir results/prokka \
  --prefix genome \
  --cpus 8 \
  --force \
  2> logs/prokka.stderr

Anotación de genes esenciales con hmmer

cd db
unzip bacterial_129_PFAM.hmm.zip
cd ../
hmmpress db/bacterial_129_PFAM.hmm
hmmsearch \
  --cpu 8 \
  --tblout results/hmmer/custom.tbl \
  --domtblout results/hmmer/custom.domtbl \
  db/bacterial_129_PFAM.hmm \
  data/INISA09.faa

Anotación de genes de resistencia

amrfinder \
  -n data/INISA09.fna \
  --threads 8 \
  --plus \
  -o results/amrfinder/amrfinder_nucl.tsv